KERAGAMAN SEKUEN DNA DAN PROTEIN DARI GEN HORMON PERTUMBUHAN PADA GENUS BOS BERDASARKAN DATA TERBUKA

Abstract

Keragaman genetik berdasarkan sekuen DNA dan protein sangat berbeda. Di Indonesia, penelitian sapi sudah banyak mengeksplorasi keragaman pada tingkat DNA, namun sangat sedikit yang melakukan eksplorasi pada sekuen protein. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan keragaman genetik gen hormon pertumbuhan pada sapi dalam tingkat DNA dan protein berdasarkan data terbuka. Sebanyak enam data yang diperoleh dari National Center for Biotechnology Information (NCBI) yaitu Bos taurus (M57764.1), Bos indicus (EF592534.1; EF592533.1; JN232516.1), Bos frontalis (DQ491198.1), dan Bos grunniens (AY271297.1). Analisis data menggunakan Neighbor-Joining dan Principal Coordinate Analyses (PCoA) dengan menggunakan package SeqinR, ape, dan adegenet dalam program R.4.0.0. Hasil analisis menunjukkan keragaman sekuen DNA lebih tinggi dibandingkan dengan protein. Berdasarkan hasil PCoA, untuk sekuen DNA ditemukan empat kelompok yaitu kelompok 1 (Bos taurus), kelompok 2 (Bos indicus), kelompok 3 (Bos frontalis), dan kelompok 4 (Bos grunniens).  Sekuen protein berdasarkan analisis PCoA ditemukan tiga kelompok yaitu kelompok 1 (Bos taurus dan Bos indicus), kelompok 2 (Bos frontalis), dan kelompok 3 (Bos grunniens). Karena keragaman sekuen protein lebih rendah dibandingkan DNA, dan protein memiliki fungsi dalam proses biologis, maka diharapkan eksplorasi sekuen protein lebih ditingkatkan dalam menemukan sapi unggul.